Windows NT använder sig av olika filsystem (transaktionsfilsystem) som används vid behov. CDFS används för CD-ROM och filsystemet FAT är kompatibelt med DOS och Windows 3. HPFS – High Performance File System som fanns med i version 3.5 för att möta behoven från OS/2 är från och med version 4 borttagen.
Vill man använda filer som ligger i en HPFS- partition måste man numera konvertera över dessa till antingen FAT eller NTFS.

Uppbyggnaden av NTFS
NTFS har hämtat en del idéer från funktionaliteten hos relationsdatabaserna. Så här ligger det till. En lagringsenhet i NTFS består av en mängd filer och varje fil består av ett antal attribut. I MFT-tabellen representeras varje fil på enheten av en post. En katalog i NTFS är helt enkelt en post i MFT. Posten i sin tur innehåller information om filens attribut.
I NTFS kan en fil ha ett godtyckligt antal namngivna attribut. Varje attribut kan ha valfri storlek. Små attribut får plats direkt i filens post medan större attribut lagras externt, dvs på hårddisken.
Den övre gränsen på lagringsenheternas storlek som NTFS kan hantera är 264 bytes, dvs 17 miljoner Tbyte. I en maskin med NTFS kan man utöka sin hårddiskarsenal med en ny, stor hårddisk och sedan också utöka en redan befintlig volym till att omfatta även den nya disken.

NTFS säkerhet
Om ett operativsystem skall kunna betraktas som säkert, måste också dess filsystem vara säkert. FAT (VFAT) och HPFS är inte säkra. (Genom att helt enkelt använda en systemdiskett kan man komma åt hela filstrukturen i datorn.)
Så är inte fallet med Windows NT. Det inbyggda säkerhetssystemet i Windows NT är också förlängt till filsystemet. I NTFS lagras, tillsammans varje fil, ett säkerhetsattribut med Accesskontrollistor. Dessa listor innehåller fält som anger rättigheter för en grupp eller en användare.

Filnamn
NTFS har också stöd för långa filnamn. Filnamnen kan bestå av upp till 253 tecken ur Unicode. Precis som i den förra versionen av Windows NT och Windows 95 kan FAT-systemet också använda långa filnamn. För att fortfarande vara kompatibelt med äldre applikationer sparar dock Windows NT undan ett 8+3-namn parallellt med det långa filnamnet. Vad innebär då långa filnamn? Jo, det innebär att istället för att ge en fil ett kryptiskt 8+3-namn, du känner väl igen namn liknande RPTHT97.DOC, kan du ge filen ett namn som verkligen talar om vad den innehåller. Jämför 8+3-namnet ovan med det tydligare långa filnamnet RAPPORT FÖR HÖSTTERMINEN 1997.DOC.